Во првата фаза Програмата за зачувување на природата во Северна Македонија беше координирана од проектен тим кој се состоеше од претставници од Швајцарската организација Helvetas Swiss Intercooperation и локалниот партнер од Северна Македонија – Фармахем од Скопје. Тимот беше раководен од Helvetas, а Фармахем беше партнер, при што стекна значајно искуство во однос на координација и управување со програмата.
Затоа, во втората и во излезната фаза на ПЗП Фармахем има водечка улога во имплементација на програмата, а HELVETAS е клучен backstopper, кој го поддржува Фармахем во исполнувањето на водечката улога и одговорностите.
Проектните активности се реализираат од имплементирачки партнери, како и организации/институции избрани на јавни повици објавени од страна на стратешките партнери на Програмата.
Програмскиот тим за координација (PCT – Project Coordination Team), располага со обучени и високо квалификувани експерти од областа на животната средина, природата и економијата.