Реката Брегалница е една од главните притоки на реката Вардар и претставува најголема река во источна Македонија. Подрачјето на сливот на реката Брегалница пртставува главен воден ресурс во источна Македонија, носејќи во исто време живот и храна во регионот.
Реката Брегалница извира од Малешевските планини на 1200 м.н.в. во близина на македонско – бугарската граница, јужно од планинскиот врв „Калаица“. Ратевска река претставува најзначајна притока, таа во реката Брегалница, се влива јужно од Берово.
Реката Брегалница во горниот дел нанесува голема количина на груб седимент во пониските заливни делови кај општина Делчево. Брегалница се карактеризира со голема заматеност што подразбира и бавен проток кај Истибања.
Низводно од Кочани, реката Брегалница претставува типична низинска река со нанесување на депозит од седименти во плитките води и залеви. По вливот на Злетовска река, Брегалница влегува во клисури прекриени со шума.
Поминувајќи го градот Штип, Брегалница длаби длабоко во палеогениски седимент претварајќи го полека теренот од рамен во далбок кањон кратко пред вливот во река Вардар кај селото Убого кое се наоѓа на 135 м.н.в.
Вкупната должина на река Брегалница е 211,5 км. со среден пад од 5‰. Реката Брегалница е поделена на три различни делови: (а) типично планински турбулентен тек кај Истибања, (б) дел со бавен тек со одделни плитки брзаци до Штип и (в) типично раминичарски бавен дел од Штип до нејзиниот влив во река Вардар.
Хидрографијата на источниот плански регион се состои од мрежа на реки, вештачки езера и природни извори вклучувајќи минерални и термални води. Најзначајен воден ресурс е реката Брегалница која ја полни акумулацијата Калиманци која е и најголема акумулација во источниот регион. Оваа акумулација има зафатнина од 120 милиони м3 што сочинува 48% вкупен годишен проток од зафатнината на река Брегалница и воглавно се користи за наводнување на 28.000 ха земјоделски површини во Кочанската и Овчеполската долина. На сливот на реката Брегалница изградени се и други акумулации како што се Ратево, Петрашевец, Лошана, Градче, акумулација во селото Пишица, како и неколку помали акумулации. Максималниот проток на вода на реката Брегалница е забележан во месец април, додека минималниот проток е забележан во септември.
Со вкупна зафатнина од 23 милиони м3 вода, Злетовската акумулација – Кнежево претставува акумулација од голема важност за регионот како главен снабдувач со вода за пиење за неколку општини кои се наоѓаат во долниот слив вклучувајќи го и градот Штип.
Брегалничкиот слив е препознатлив и по бројни термални извори кои се наоѓаат во областа на Виница (Истибања), Чешиново – Облешево (Бања) и во регионот на Штип (Кежовица).